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分子动力学模拟GROMACS(初级培训班)

2018年4月21日 8:30 ~ 2018年4月23日 17:30

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    格致斯创已成功举办多次系列软件培训班,学员达到上百名,收到越来越多的模拟计算软件爱好者的支持和好评,为了满足更多的学员能够有机会参加学习,格致斯创公司将于2018421~23日在北京应物会议中心举办分子动力学模拟GROMACS—初级培训班欢迎各位老师和同学报名参加!

     

    GROMACS是一款功能强大的分子动力学计算软件,开源免费,可扩展性强,计算速度快,主要用于蛋白质、磷脂、核酸等生物体系的模拟,亦可用于聚合物、超分子自组装等非生物体系的大尺度分子动力学计算。支持AmberCHARMMGROMOSOPLS和粗粒化Martini等多种分子力学力场模型。力场和参数文件为纯文本格式,方便用户编辑。同时,集成了多种命令处理输入和输出文件,且所有命令具有近似统一的调用格式,简单易学,吸引了越来越多从事生物分子模拟的科研工作者使用。

     

    本次基础培训班可以为广大GROMACS初学者提供一个良好学习平台,在较短的时间内对分子动力学理论以及GROMACS使用的基础知识进行更有效的掌握,为今后更深一步的分子动力学模拟打下坚实的基础。

     

    所有来参加培训的学员都可以进行上机操作练习,由中国吕梁云计算中心将为学员提供充足稳定的测试资源,中心采用天河二号主机系统,全系统峰值性能3.28Pflops,每个计算结点包含2Xeon E5 12核心的多核中央处理器和3Xeon Phi 57核心的众核加速器,共195个计算核心。每个结点拥有64GB主存,而每个Xeon Phi协处理器板载8GB内存,故每结点共88GB内存。每个计算节点峰值浮点性能3.432TFlops。相信优质稳定的测试资源会给每位学员带来愉悦的体验,得到更多的收获。

     

    ►培训课程:

    第一天


    8:30--9:00

    学员报道,领取资料

    9:00--11:30

    分子模拟简介;

    分子模拟方法的选择;

    分子动力学理论:模拟框架、积分方法、分子力学、系统、常用软件等。

    13:30--17:00

    生物分子三维结构展示软件学习(Discovery   Studio Visualizer

    GROMACS的编译/Linux基础/作业提交

    GROMACS文件类型与参数设置

     

    第二天


    8:30--11:30

    GROMACS上机实践1

     

    溶剂体系

    利用GROMACS完成水和有机溶剂(甲醇和环己烷)的模拟,进行温度、密度、偶极矩、介电常数、蒸发焓、扩散系数、径向分布等计算分析。

     

    学员在此阶段可学习Amber力场参数的构建、标准的分子动力学计算流程以及GROMACS内置的数据分析程序,以及加深对GROMACS文件类型、分子处理、参数设置和关键命令的理解。

    13:30--17:00

    GROMACS上机实践2

     

    蛋白质/蛋白质-配体复合物体系

    利用GROMACS完成蛋白质、蛋白质/配体在水溶液中的模拟计算,分析蛋白质的柔性、二级结构、亲/疏水面积、回旋半径、蛋白质/配体的结合能、距离、氢键等分析,并利用Discovery   Studio Visualizer制作高质量三维结构图片。

     

    学员在此阶段可学习GROMACS对蛋白质和配体坐标文件的处理命令,了解软件对混合分子体系(蛋白质/配体/离子/水)的参数设置,进一步掌握GROMACS软件对蛋白质体系的分析程序。

     

     

    第三天


    8:30--11:30

    GROMACS上机实践3

     

    双相体系

    利用GROMACS完成双相体系(甲醇/水、环己烷/水)的设置以及核酸片段在双相体系中的分子模拟。

     

    学员在此阶段可学习GROMACS对混合溶剂体系的处理和构建以及VMD软件对模拟轨迹文件的可视化,复习混合分子体系参数的设置,了解GROMACS对核酸分子的处理,尝试手动编辑力场参数文件。

    13:30--17:00

    GROMACS上机实践4

     

       全原子和粗粒化分子动力学模拟实例讲解。通过多个实例的演示,加强学员对GROMACS软件适用范围、mdptop文件类型的编写、系统平衡、时间步长选择、力场参数选择和构建、出错调试等一系列重要问题的认识。

     

    答疑解惑,互相讨论。

     

    主讲人介绍:

    张老师,工学博士,有丰富的GROMACS使用经验,运用GROMACS所做的科研工作已发表在Journal of Physical Chemistry LetterJournal of Chemical Theory and ComputationJournal of Chemical Information and Modeling等国际学术刊物。

        

    培训班时间地点及费用:(包含教材费,培训费,午餐,不含差旅费用)

    时间:2018年4月21~23日     地点:北京应物会议中心

                                     可咨询:13932327338



    培训班费用

    一人参加

    同一单位2人或以上参加,可享受优惠

    老师

    2500元/人

    2200/

    学生

    2000元/人

    1700/



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